Non tutte le sinapsi del cervello sono di tipo eccitatorio. L´azione di alcune sinapsi allontana il potenziale di membrana dal valore di soglia del potenziale d´azione: queste sinapsi sono chiamate sinapsi inibitorie. Le sinapsi inibitorie esercitano un potente controllo sulla risposta di un neurone. I PPSI e l´inibizione per derivazione: i recettori post-sinaptici della maggior parte delle sinapsi inibitorie sono simili a quelle delle sinapsi eccitatorie. Si tratta di canali trasmettitore-dipendenti. Le uniche differenze consistono nel fatto che essi legano neurotrasmettitori diversi e consentono a ioni differenti il passaggio attraverso i loro canali. I canali trasmettitore-dipendenti di molte sinapsi inibitorie sono permeabili soltanto al Cl-. L´apertura dei canali al cloro permette agli ioni Cl- di attraversare la membrana in una direzione in modo da portare il potenziale di membrana verso il potenziale di equilibrio del cloro, ossia -65mV. Anche qualora non esista alcun PPSI manifesto, il neurone è ugualmente inibito. Questo si verifica grazie all´inibizione per derivazione. Il principio fisico dell´inibizione per derivazione consiste nell´afflusso di ioni cloro con carica negativa, il che equivale formalmente a un flusso di corrente positiva uscente. L´azione di una sinapsi inibitoria contribuisce, dunque, all´integrazione sinaptica: i PPSI possono essere sottratti dai PPSE, facendo in modo che il neurone post-sinaptico inneschi meno facilmente i potenziali d´azione. Le sinapsi inibitorie del cervello usano il GABA come neurotrasmettitore. Esse, oltre ad essere sui dendriti, sono presenti su molti neuroni nei loro corpi cellulari e vicino al cono d´emergenza assonico, dove godono di una posizione strategica per iniziare l´attività del neurone post-sinaptico.
